普悠瑪號列車翻覆事故造成多人傷亡，檢方、台鐵和行政院都展開調查。針對外界質疑政府把事故主因矛頭對準司機員，行政院長賴清德今天(24日)表示，該負的責任一定要負，其中包括法律和政治責任。他也表示，ATP為何會被關閉，需要進一步調查，此時不必要的揣測沒有幫助。

行政院長賴清德今天(24日)一早就搭乘普悠瑪號列車到花蓮，回程也搭普悠瑪前往宜蘭，視察新馬站在翻覆事故後的恢復進度。賴清德表示，西正線和東正線都已恢復雙向通車，代表台鐵非常賣力修復，他希望到新馬站為台鐵加油打氣。
普悠瑪翻覆事故後，檢方介入偵辦，台鐵局也公布調查結果。針對有媒體報導指政府似乎將事故責任都推給司機員，賴揆在新馬站受訪時表示，此事件有法律責任和政治責任，該負的責任都要負，後續事宜處理完畢後，會一併給社會交代。賴清德說：『(原音)該負責任的一定要負起責任，這個責任有法律、也有政治責任，在整個事情解決完畢後，我們都一併處理給社會交代。當然司法部分，要交由司法單位負責，行政方面或政治方面責任，我們也會扛起這個責任，跟社會大眾說明。』
行政院的調查小組指出事故主因是彎道超速和ATP被關閉，賴揆表示，ATP為什麼會被關掉，必須等待調查，此時不必要的揣測對後續調查沒有幫助。他也表示，關於交通部長吳宏謀和台鐵局長鹿潔身請辭，他會在所有事情告一段落後做出決定。