行政院長賴清德12日宣布停建深澳燃煤電廠，面對新北市府質疑深澳電廠案從計畫核定、環評通過、公告到編列預算，都是民進黨新北市長參選人蘇貞昌擔任行政院長任內的政策，行政院昨天深夜到今天(13日)凌晨陸續出示多份資料反擊，指出新北市長朱立倫在2010年擔任行政院副院長時，就深澳電廠更新擴建計畫編列新台幣3.8億的經費，2011年、2012年也繼續再編2.2億及5.2億元的更新經費，且列為行政院管制的重要計畫，代表深澳電廠在國民黨執政時期、民進黨執政時期，都是國家能源政策中的一環。
對此，新北市府13日也出示整理出的公文反擊，指出根據以往公文記錄，深澳電廠是在2007年9月30日除役，即停止發電，等待拆除，也就是蘇貞昌任擔任行政院長任內所通過的「拆舊廠蓋新廠更新擴建計畫」。
新北市府指出，2010年3月，朱立倫擔任行政院副院長時期，主持「節能減碳推動委員會」，當時深澳電廠確已不再發電，當時台電報告減少碳排放成效，為計算已減少的碳排放，當然就把已經停止發電的深澳電廠列為減少的二氧化碳排放量當中。至於所謂編列11.8億多元預算，此計畫的期程是「2006年到2014年」，而2006年正是蘇貞昌當年擔任院長時通過環評的時間，當時環評通過後，就馬上編列了計劃為期9年(2006年到2014年)、11.8億的預算。