因應中國政府開放台灣民眾申領居住證的可能衝擊，陸委會研議修改兩岸人民關係條例，要求申領者主動向我政府申報登記，並管制申領者擔任機敏公職或軍職。陸委會今天(3日)表示，陸方這項統戰措施已實質改變現狀，並損害我方主權，政府必須有效掌握台灣人民領用居住證的實際情況，同時也要維護國家安全及利益。陸委會並且建議民眾別急著申辦，為保障自身權益，最好先觀察後續使用情形。

中國政府推出居住證後，外界質疑聲音不斷，包括可能會被要求繳納境外的個人所得稅、申辦資格不夠明確、「五險一金」等社會保險制度有可能增加額外費用負擔、個資與隱私保障不足，以及對台灣而言非常重要的國家安全問題。
為維護國家安全及利益，陸委會決定採取「最小範圍之必要管理」，開始著手研議修改兩岸條例，要求領有居住證者應向主管機關主動申報登記，同時研議申領者若擔任重要機敏公職、軍職，政府將採取必要適當的管制措施。
上述舉措引發議論，但陸委會回應指出，居住證是陸方對台統戰措施一環，其單方面將台灣民眾視為其公民，並納入其戶政管理系統，雖不必在中國大陸設有戶籍，但已「實質改變以往將兩岸民眾身分區隔處理的現狀」，而且還損害我方主權；所以，採取的管制措施，是要在最小範圍之內，防範居住證對於兩岸公法權利義務務所造成的衝突，並維護國家安全及利益。
陸委會強調，政府充分理解往來兩岸生活、工作或求學的台灣民眾，在中國大陸所面臨的種種不便及壓力，但是也必須提醒申領居住證的風險，希望民眾多方評估後再做決定，陸委會發言人邱垂正說：『(原音)我們將關切相關的措施對於民眾的影響，截至目前為止，中國大陸對於各方所提出有關居住證的各種風險、質疑，以及若干中國大陸動員我們的民眾申請的報導，都沒有做出相關回應及說明，因此我們要提醒民眾在申領居住證前應先停、看、聽，關注後續的使用情形，力圖一定要降低風險，保障自己的權益。』
至於修法進度，陸委會表示，會在研議修法的過程中參採各界意見，近期內就會邀集相關機關與學者、專家召開座談會，希望能夠儘速推動完成修法作業。