針對申領中國「居住證」是否等於設立中國戶籍的問題，陸委會今天(20日)下午再度回應指出，雖然根據「港澳台居民居住證申領發放辦法」，「居住證」似乎無關「設籍」，但持有居住證所享有的權利義務是否違反我方法規，還是要等我政府相關機關會商之後才能確定；不過，陸委會重申，「港澳台居民居住證申領發放辦法」要求提供指紋資料，有可能是為了要採取較嚴格的監控作為，提醒民眾要多加注意因此而產生的風險。

中國政府公布「港澳台居民居住證申領發放辦法」，持有居住證者的規範內容涵蓋稅務、醫療、教育、養老、失業、社會保險等領域，而且還規定台灣民眾申請居住證時，需要提供指紋資料。
陸委會20日下午再次表示，提供指紋資料可能會有風險，台灣民眾有必要多加注意。陸委會法政處處長蔡志儒說：『(原音)這可能是陸方欲加強對在陸居住的台灣民眾，採取較嚴格的監控作為，對有意赴中國大陸就業或就學的台灣民眾，可能會產生一定的風險。』
關於申領居住證是否等於在中國大陸設籍的問題，陸委會表示，根據「申領發放辦法」，似乎與設籍有所區別，但是居住證持有者享有的權利義務，又與公法的權利義務關係產生衝突影響，因此，我方要如何認定與處理，仍需要會商相關機關共同研議。
如果申領居住證被我政府視為在中國大陸設籍，根據兩岸人民關係條例的規定，在中國大陸設有戶籍者，將喪失台灣人民身分，以及依法註銷在台戶籍及因戶籍所衍生的相關權利。