新北市三重衛生所爆發公費流感疫苗數據造假事件，時任新北市副市長的國民黨新北市長參選人侯友宜也遭質疑應負連帶責任。對此，侯友宜今天(11日)表示，全國大概有31萬劑有類似狀況，這個狀況不應該，要深刻檢討，該怎麼處理就怎麼處理。

新北市三重衛生所2015年起假造公費流感疫苗數據，至少有1萬多劑被銷毀，監察院因此通過糾正新北市政府、新北市衛生局和三重衛生所。而時任新北市副市長的國民黨新北市長參選人侯友宜也因督導相關業務，遭質疑應負連帶責任。
對此，侯友宜11日出席三峽全民運動會時受訪表示，這確實是不應該的事情，必須檢討，但他也說這是全國都有的情形。侯友宜說：『(原音)全國大概31萬劑類似的狀況出來，這個情形是不應該的，我們要深刻檢討、瞭解原因，該怎麼處理就怎麼處理。』
侯辦發言人賴冠群日前也表示，新北市衛生局沒有護短，在接獲內部舉發後隨即將主管人員調離現職並移送檢調，這是全國應記取的教訓，在600萬劑疫苗中，高達31萬劑查無施打名冊，中央查核機制明顯失靈，應予補強。
另外，內湖日前發生疑似精神異常的男子強拉女童案，侯友宜也指出，這件事情非同小可，絕對不能等閒視之，一發生這種狀況就要馬上了解原因，要做斷然處理，必須積極遏止，避免連續犯罪發生，這是解決治安的重要關鍵。