台灣大學校長遴選爭議不斷，台大今天(9日)召開校務會議，指教育部對台大、陽明兩校的差別待遇，將是法院攻防重點。教育部晚間發出新聞稿表示，「顯係臆測而非事實」。
台灣大學校長遴選委員會1月5日選出台大教授管中閔為新校長，原預訂2月上任，卻因多項爭議，遭教育部4月27日正式以有經濟法律上重大利益未迴避的適法疑慮為由，駁回遴選結果，要求重新回到校長候選人推薦資格初審階段。
台大6月4日正式提出訴願，後續還準備提出行政訴訟。今天召開的校務會議上，主任秘書林達德指出，律師事務所整理出的法律爭議點有三，包括候選人與遴選委員會委員是否有揭露其擔任同一間上市公司董監事之義務；本次遴選程序組織是否有違正當行政程序；教育部對於陽明大學、台大兩間學校的差別待遇是否有違反平等原則。
對此，教育部傍晚發出新聞稿重申，台大提出的訴願書，將由行政院訴願審議委員會審議，教育部會依訴願結果決定處理。並強調不管是否正在訴願程序，台大校長遴選委員會都應儘速重啟遴選。
對於林達德報告中指台大、陽明校長遴選有差別待遇。教育部則澄清，陽明遴選中，確有遴選會召集人與候選人於同一間公司擔任董事的問題，但是在教育部正式聘任校長後才被揭露。教育部獲知後，已於今年5月兩度函請陽明大學查明實情，後續也會以處理台大遴選案的相同標準審視。