本週請辭獲准的教育部長吳茂昆在2005年10月擔任國科會主委時，到中國蘇州參加國際學術會議後，再到杭州參加另一場國際學術高峰會議，但杭州這場會議當時並未獲得行政院核准。對此，科技部長陳良基今天(31日)表示，這部分有沒有違法，正在查證中。
吳茂昆日前在辭職聲明中提及，當時這兩個行程事先都有向行政院提出申請，而在行政院回函給國科會的公文中，對於香港科技大學在杭州舉行的國際會議並未准駁，但考量出席會議可大幅增加台灣在科技領域發展的國際曝光度，才決定轉往杭州與會。
陳良基上午到立法院教育及文化委員會進行專題報告，他對此表示，在行政院當時給國科會的回函裡，有註明吳茂昆去蘇州和杭州的會議，且清楚同意他可去參加蘇州舉行的國際科學理事會會議，至於吳茂昆額外增加的行程，有沒有違法，目前正在查證。
陳良基說，科技部正蒐集相關資料，了解當時2005年的法規規定，也將比對在兩岸人民關係條例或入出境許可辦法中，是否有記載相關政務人員出國事項，科技部會在事實認定後，再與相關部會研商處置方式。