行政院長賴清德今天(29日)表示，教育部長吳茂昆在國科會主委任內到中國參加2場學術會議，但其中一場並未獲得行政院准許，他支持吳茂昆希望用更高的道德標準檢驗自己，所以早上和吳茂昆通電話後，接受他的辭呈。

台大校長當選人、中研院士管中閔到中國兼職引發爭議，但國民黨立委柯志恩日前爆料，教育部長吳茂昆2005年在國科會主委任內，請假到中國出席國際學術會議，也沒有依法報准。柯志恩批評吳茂昆「違法赴中」，吳茂昆也回應如果違法就會下台。
針對教育部長吳茂昆請辭獲准，行政院長賴清德29日表示，吳茂昆上周末透過行政院秘書長卓榮泰口頭請辭，他今天上午和吳茂昆通電話之後，贊成吳茂昆以同樣標準檢驗自己的理念，所以接受吳茂昆的辭呈。
賴清德表示，吳茂昆2005年10月請假到蘇州參加國際學術會議，應當時香港科技大學校長朱經武的邀請，利用周末出席由香港科技大學和浙江大學舉辦的另外一場學術會議，但是第二場會議並沒有獲得行政院准許。
賴揆表示，吳茂昆認為身為教育部長應該用高道德標準檢驗自己，希望用去職止住紛爭，讓教育部工作順利推展。賴揆說：『(原音)在這場高峰會裡面除了朱經武教授以外，也有國際諾貝爾獎得主，還有各國的科技政策負責人，他一直到最近才知道兩場國際研討會，當時行政院只准第一場，他認為他身為教育部長，應該用同一個標準，甚至更高的道德標準檢驗自己，他希望辭去教育部長職務止住紛爭，讓教育部工作能夠順利推展。』
賴清德表示，目前由教育部次長姚立德代理部長職，待繼任人選確定之後，行政院會擇期向外界報告。