教育部長吳茂昆今天(29日)請辭獲准，吳茂昆下午發出辭職聲明表示，這一個多月來，特定媒體及在野黨立委極盡能事的抹黑他和羞辱他，許多該做的事因而延宕，因此，他決定以最高的道德標準，請辭部長職務，盼讓教育部能向前邁進。

教育部長吳茂昆請辭獲准，在任41天成為國內史上任期最短的教育部長。吳茂昆在辭職聲明中指出，接任教育部長後，特定媒體即開始撲天蓋地，且用不實的指控抹黑他，在野黨立委也極盡能事的羞辱他，將他刻畫成一個惡質的人。他這一生，無論在任何位置，都兢兢業業面對各項挑戰，從沒遭受如過去一個多月來，對人格的嚴重污衊與羞辱。
吳茂昆說，這些不實指控已造成教育部同仁工作上不必要的困擾與負擔，更使行政院團隊受到傷害，許多該做的事因而延宕，因此，幾經思量，他決定在此時以最高的道德標準，向行政院長賴清德請辭，並獲得院長的同意。
他表示，面對在野黨立委在立法院惡意且無理的挑釁，他和教育部同仁仍順利完成幾項重要法案的審議。另外，「108課綱」的審查，即使在某團體不分是非的莫名杯葛情況下，也在其他課審委員犧牲假日開會的努力下，依然持續前進。他也希望，藉由他的離開，摒除掉外界無理的干擾，讓部內同仁可以擴大腳步、向前邁進。
吳茂昆也提到，外界一直認為他是要執行「拔管」，才接任教育部長職務，事實不然，他從願意擔任諮詢小組成員，到之後接任部長實際處理此事，他的立場及信念自始至終都一致。大學校長是學校的領航人，其遴聘的人選，當然且必須要接受較高道德標準的檢視，這個過程完全是對事不對人。
吳茂昆並提及，有關他在2005年10月擔任國科會主委時，去中國開會的事，當時他是代表台灣，到中國蘇州參加國際學術會議，會後再到杭州，參加由香港科技大學與浙江大學合辦的國際學術高峰會議，這兩個行程事先都有向行政院提出申請，並循程序簽辦，而在行政院回函給國科會的公文中，對於香港科大在杭州所舉行的國際會議並未准駁。由於這場會議在週末舉行，且在當時香港科技大學校長朱經武的力邀下，考量出席會議可大幅增加台灣在科技領域發展的國際曝光度，才決定轉往杭州與會。
吳茂昆在聲明中強調，許多現在慣用的科技及生活方式，不出幾年，將面臨極大的轉變，做為師長，有責任貢獻知識與所學，引導他們發掘問題、解決問題，並建構出未來的藍圖，因此，台灣的教育絕對不能因為意識形態對立而陷入泥沼，而是要回歸真正的理性討論與思辨。台灣做為世界上最值得驕傲的自由民主國家之一，在政治上還有進步成長的空間；在教育上，他相信，不管面臨多大的困難，大家都願意一同為了捍衛學術自由民主、教育下一代為社會公平正義的價值而努力。