教育部駁回台大校長當選人管中閔聘任案，引爆教育界及政治界的紛爭。立法院司法及法制委員會今天(30日)下午原本排定議程，邀請教育部長吳茂昆備詢，吳茂昆因有要公請假，沒有現身；但吳茂昆在會前，先主動找媒體們強調，請大家要相信他，台大人事案完全沒有遭到政治力介入。不過，此舉引發國民黨立委的不滿，讓多名立委決定從立法院直衝教育部部長室，尋找吳茂昆。

吳志揚：『(原音)他說另有要公，請問立法院要求來說明這兩件重要的事情，不算要公嗎？(台下國民黨立委：算啊！)算不算要公？(台下國民黨立委：算！)』立法院司法及法制委員會邀請教育部長吳茂昆，針對「行政程序法與國立大學校長遴選規範之適用關係」進行專題報告，但吳茂昆請假，由次長林騰蛟代為出席，讓會議主席、國民黨立委吳志揚一開始就宣布休息，藍營立委也高舉「吳茂昆拔管 大學自治插管」等標語看板，要求吳茂昆到場備詢。(現場音)
吳茂昆沒有現身立法院，但在這場會議開始前的1小時，他正邀眾家媒體到部長室重申，他上任10多天以來，包括蔡英文總統及行政院長賴清德等人，都沒有跟他提過台大校長人事案；他也提到，有人說他是「走狗」，如果他真是賴院長的「走狗」，他就辭職。吳茂昆：『(原音)請大家要相信我們，在這個事件裡頭，完全沒有政治介入，反而是我們看到外面的政治介入，是大嚴重了。』
藍黨立委知道吳茂昆接受媒體訪問後，決定從立法院直搗教育部，想要直接到部長室找吳茂昆理論，教育部大門還因此一度上鎖，連教育部主秘朱楠賢和眾家媒體都被鎖在門外；後來藍營立委到部長室，見不到部長，打電話也沒人接。立委柯志恩：『(原音)今天吳志揚委員排了(議程)，他不來，卻接受媒體訪問，讓我們覺得非常的納悶，所以我們想了解，部長既然都敢直接面對媒體，那就請問他什麼時候面對我們。』
立委柯志恩30日也拿出教育部「跨部會諮詢專案小組」的委員名單，裡面赫然發現吳茂昆早在4月10日、還沒當部長前，就是跨部會小組的委員，因此，她認定這次的「拔管」劇本早就寫好了。
對此，吳茂昆說，他是以學術界的專家學者身分，受邀擔任委員。吳茂昆：『(原音)完全沒有意料到過一個禮拜以後，我要來這裡接部長，因為我開完會，第一天4月10號開完會，我就出國去了，所以我第二次本來就沒有預計要開，參加會議。』
吳茂昆表示，大學校長是由教育部聘任，教育部當然要在任用的過程中，去檢視這個當選人適不適合去帶領這所大學；他強調，台大校長遴選委員會如果決定不再重啟遴選作業，台大應該要召開正式校務會議，討論後續處理方式。

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