教育部駁回台大校長遴選結果，由台灣大學、台灣師範大學、台灣科技大學組成的「國立台灣大學系統」，今天(30日)下午發出聲明表示，教育部應尊重大學自治，政治應退出校園運作，以維高等教育長遠的發展。
聲明中指出，國立大學校長遴選委員會乃依大學法所建置之法定組織，開始成立運作之後，獨立於大學之外。大學行政組織除應遴選委員會的要求，提供必要行政協助之外，對於遴選作業程序的進行與遴選結果，必須完全尊重。國立台灣大學系統強調，依法行政是民主法治國家最基礎也最重要的基本價值，任何公權力都必須以法律規範為前提，踐行法定程序。
國立台灣大學系統呼籲，教育部應尊重大學自治，不可剝奪憲法保障國立大學組織的自主權，並依大學法第九條依法行政，尊重校長遴選委員會的遴選結果。台灣大學經過合法程序組成校長遴選委員會，並完成遴選程序，再經3月24日校務會議決議，重申尊重遴選委員會職權，教育部亦當予以尊重。
國立台灣大學系統表示，針對台大校長遴選的行政干涉，已造成校園的對立與不安，並將影響未來所有國立大學校長之聘任，仍請教育部尊重大學自主精神。