教育部駁回台大校長管中閔聘任案，引發社會爭議。教育部長吳茂昆29日重申，台大校長遴選過程不完備，管中閔當選人很多事證沒有在遴選過程中被仔細檢視，違反遴委會自訂的學術誠信問題，教育部對這樣的結果，「當然不能接受」。若台大堅持走法律程序，吳茂昆說，那就一切回歸大學相關規範來處理。

教育部駁回台大校長管中閔聘任案，不只台大校方跳腳，由國立大學校長所組成的國立大學校院協也發出聲明，呼籲教育部尊重大學自主，不要干預遴選結果。
教育部長吳茂昆29日出席新南向教育展開幕活動，會前受訪時澄清，強調教育部並沒有干預大學自主，之所以是遴選而不是選舉，就是要透過遴選過程選出全國最高學府領導人，這個人必須被接受檢視，但台大遴委會在遴選過程中，針對當選人管中閔很多事證處理並不完備，違背自訂遴選規則，如此遴選的結果，教育部當然不能接受。吳茂昆：『(原音)遴選就是希望遴選委員會找出最好的人，來領導我們全國最高學府，這個人在很多標準是要被檢視的，在目前我們看起來很多績效，很多事證這個人，政遴選委員遴選過程之中，並沒有把這些事情做得完備，這是違背遴選委員自已訂的規則裡面非常重要的學術誠信的問題，最後這個結果，我們當然不能接受。』
台大校長面臨重選，但當初候選人之一、中研院前副院長王汎森和清華大學前副校長吳誠文卻都表示不再參選。吳茂昆對此表示，吳誠文的聲明中明白指出，他對現有的遊戲規則不認同，如果遴選遊戲規則更完備，相信他會願意回來參選，至於王汎森不選，吳茂昆認為這是代表他也對遴選結果感到失望。
有媒體反問，遴選就是要民主對不對？吳茂昆則回應，「學術沒有真正的民主」，而遴選則是大學自治。對於台北市長柯文哲批評教育部駁回管中閔聘任案是糟糕決定，吳茂昆表示，「也許他是不了解整個事情的內容，他聽到就講了」。