教育部駁回管中閔當選台大校長的遴選結果後，部長吳茂昆重申，管中閔兼職違法，台大遴選會沒詳細檢視候選人資格，違背自訂規範，且諮詢小組已提管中閔不能參選的法律意見，相信遴選委員會已經看到，也會尊重。
教育部次長林騰蛟召開記者會，以有經濟法律上重大利益未迴避的適法疑慮為由，駁回台大校長遴選結果，等同教育部駁回管中閔的聘任。記者會上除提供文字說明外，也提供一份諮詢小組的法律研析意見作為「附件二」供媒體參考。
「附件二」的結論指出，台大校長有重大公共利益性質，管中閔違法兼職在前，又未揭露與遴選委員間的利害關係在後，「應非能勝任立於執牛耳地位之台大校長」，具體主張台大應重新辦理遴選程序，且管中閔違法事證明確，依法不得再參加遴選。
不過，林騰蛟在記者會上及後續受訪時強調，教育部並未完全採納諮詢小組這份法律研析意見，並說校長候選人的資格應由遴選委員會認定，如果認為符合資格，就能和其他候選人一同參與後續的遴選程序。
吳茂昆事後接受媒體聯訪進一步解釋，從法律觀點來看，管中閔在遴選過程中未揭露兼職，違反台大自訂的規則，「用白話講，是偷跑了，當然不合法。」但教育部基於尊重「大學自治」，希望由台大校長遴選委員會去審議候選人的資格，如果發現違法、不適法的地方，就應排除該位人選的資格。
吳茂昆28日晚間再度透過教育部幕僚單位轉達文字說明指出，跨部會諮詢小組意見明確指出管中閔在台灣大哥大兼職違法，遴選會沒有詳細檢視候選人資格，違背自己訂定的規範，背離學術誠信的準則。
吳茂昆重申，管中閔是否能再參選，還是要回到台大遴選會，進行實質審查後決定，但諮詢小組已提出管中閔不能選的法律意見，相信遴選委員會已經看到，也會尊重。