針對教育部駁回台大校長管中閔遴選案，要求重啟遴選程序。台北市長柯文哲今天(28日)表示，以台大醫學院外科教授身份而言，他認為這是嚴重侵犯大學自主，且後續會有很大的「併發症」。至於若是管中閔因此參選台北市長，柯文哲回應，管中閔此時出來參選，得票數一定很高，不過自己還是會做好該做的事。

台北市長柯文哲28日出席台北清真寺建寺58週年寺慶。面對媒體詢問如何看教育部駁回台大校長管中閔遴選案，柯文哲指出，不是很願意批評民進黨，他是以借調的方式擔任台北市長，若以現任台大醫學院外科教授的身份來看，此事是嚴重侵犯大學自主。他說：『(原音)如果我是以台大醫學院外科教授的身份我覺得這個嚴重侵犯大學自主，這個不知道哪個白痴的政策、決定的這個政策，我覺得要檢討一下。』
柯文哲表示，讓管中閔上任台大校長，外界多少會有聲音批評遴選過程瑕疵，有些爭議，但是教育部以行政命令駁回，「打掉」此事，爭議會更大，他認為後續「併發症真的太大」，且不用他向民進黨反應，台大就「跳起來了」。
對於外界推論，管中閔可能因此憤而參選台北市長，柯文哲回應，管中閔若在此時參選，票數一定會很高。但柯文哲也強調，自己還是會做好該做的事情。