教育部次長林騰蛟27日召開記者會，宣布教育部開會後，決定不聘任管中閩為台大新任校長，要求重啟遴選，但若遴選結果仍由管中閔出線，教育部就會尊重。不過教育部長吳茂昆隨後接受媒體訪問時，明確表示管中閔獨董爭議有適法性問題，但是這個問題必須回到台大遴委會，讓台大遴委會去認定，「這才是彰顯大學自治！」
吳茂昆表示，管中閩確實仍具有台大校長候選人資格，但是有關他違法事證，台大遴委會必須要認定和處置，教育部也會做最後適法性把關。