民進黨立院黨團內部對軍人年金改革不斷有雜音，在草案處理前夕，總統府秘書長陳菊今天(27日)特別參加黨團大會參加討論，最後黨團透過表決方式決定支持政院版本。對此，陳菊表示她鬆了一口氣，也說黨團所支持的版本其實有助於穩定軍心與社會。

攸關軍改的「陸海空軍軍官士官服役條例部分條文修正草案」，行政院主張月退樓地板為新台幣38,990，俸率計算方式為服役滿20年就有55%的起支俸率，每多服役1年就增加2%，由於高階將領的所得替代率還是維持在90%，使民進黨團內部出現雜音。
為了定調立場，民進黨團27日舉行黨團大會，總統府秘書長陳菊也親自督軍，會中針對所得替代率是要維持政院版的90%還是調降成85%進行論戰但遲遲沒有共識，最後黨團使用不記名投票，維持政院版的票數獲得多數民進黨立委支持。陳菊說：『(原音)我們了解對於軍人年改的特殊性，所以我們做了更多妥適的處理才會有現在行政院的版本，當然黨內有很多參與協商，在討論過程中有不同意見，不過最後我們黨內民主、尊重大家，我們很高興還是大多數的人都是同意支持行政院版本。』
陳菊坦言鬆了一口氣，也說見識到多元意見表達的民進黨立院黨團。陳菊說：『(原音)鬆了一口氣也見識到黨團大家都是不同意見跟聲音。不過這是一個公共政策，黨內多元意見聲音我們都認為這是民主一部分，我們都尊重，最後大多數人都支持，這最重要，好家在。』
其實在出席黨團大會之前，陳菊也一一打電話給黨籍立委再一次溝通政策，強調政院版對現退役軍人是最有利的版本；至於，軍公教年改是否維持7月1日同步上路，陳菊表示，這要尊重行政院的規劃。