針對「自由時報」報導「馬習會機密檔案未移交」，前總統馬英九辦公室發言人徐巧芯今天(13日)表示，馬英九當時即要求一切透過兩岸官方機制，溝通磋商相關事宜，事前、事後均向國會報告，一切公開透明。如果現在政府的黨政高層、國安人士認為有「密使」或不可告人之處，請「具名」並「具體」提出證據，告知國人哪個檔案沒有移交，不要只敢透過特定媒體放話，意圖抹黑馬英九。
徐巧芯指出，馬英九任內已建立兩岸政府官方接觸管道，「陸委會主委和國台辦主任都見面了，哪還需要透過密使」？她批評蔡政府搞不好兩岸關係，就去懷疑前任有秘密管道。她也向蔡政府的黨政高層和國安人士喊話，強調兩岸關係沒什麼秘方，回歸「九二共識、一中各表」就對了。
自由時報報導，中國大陸領導人習近平透過修憲刪除國家主席的任期限制，國安單位欲分析習近平過去與台灣打交道的過程，但黨政高層直言，有關「馬習會」「精采的部分」都沒有留下，推斷馬、習兩人為了見面，可能委由體制外的人士傳遞及接收訊息，另闢渠道接觸的時間恐長達兩年，且都沒有把相關檔案留給下任政府，這類「密使模式」並不符合民主常規。