行政院提出農田水利會組織通則修正案，欲將農田水利會從現行的公法人改制為公務機關，國民黨表態反對。總統府發言人黃重諺今天(15日)強調，將農田水利會提升為公務機關將可強化農業水資源的運用，國民黨執政時也曾有相同打算，所以應該共同支持這項修法。

立法院臨時會將處理農田水利會組織通則修正草案，將全台17個農田水利會改制成公務機關，支持與反對兩派聲音爭論不休，國民黨則質疑是選舉考量，因而極力反對，並打算號召千人走上街頭抗議。
對此，總統府發言人黃重諺15日回應表示，農業水資源是全民資產，將全民資產的管理提升到公務機關的位階是政府對於國民負責任的做法，可以透過國家統籌，強化水資源的利用效益，並保障水利專業人員的工作權益。黃重諺：『(原音)農田水利會的公務機關化最重要的目標，就是要藉著農田水利會的轉型跟位階提升，透過國家的統籌，強化農業水資源的利用效應來因應包括氣候變遷在內的水資源管理挑戰，同時也讓廣大的水利專業人員可以獲得更好的工作權益的保障，擴大對農民的服務範圍，強化組織專業經理，這是正確的方向。』
黃重諺並指出，其實在1993年，當時的執政黨也曾主導修法，修正當時的39之1條，要求「行政院應於3年內，將農田水利會改制為公務機關，分別納入各級主管機關編制內」，顯見過去不同的執政黨也曾為了國家而有一樣的打算，因此應該不分朝野，共同支持。