農委會主管的台灣肥料公司(台肥)，配合政府新南向計劃，目前也正積極布局。農委會指出，台肥原先在柬埔寨就設有據點，目前也正積極了解東南亞其他國家的市場需求，未來也會視當地情況，規劃前進的模式，像是增加肥料據點買賣或是在東南亞建置肥料廠。
農委會在台肥擁有近25%的股權，可以說是大股東，日前台肥配合政府政策，成立子公司台灣農業國際開發公司(台農公司)擔任國家平台， 負責台灣國內農產品對東南亞國家市場的開發和銷售，除了希望台灣農產品能夠進一步拓展新南向國家，也協助農民在國際行銷上的包裝。
台肥也是台灣國內肥料生產的大宗，除了供應國內需求，台肥之前在柬埔寨就設有據點，從事肥料生意的往來，主要是供應當地台農企業所需的肥料。農糧署指出，由於在當地的台農企業，過去在台灣種植農作物時，就使用台灣的肥料，前進東南亞時，也有習慣性，畢竟使用多少量、何時使用，就不用再重新學，因此台肥也會先以柬埔寨所設的據點為基地，再進一步前進東南亞其他國家。農糧署主祕翁震炘說：『(原音)當初有設一個就是合作的公司在當地，會先從賣肥料開始，當地有些肥料的需求，台商也有在當地種一些農作物，會從當地先賣肥料，慢慢看其他東南亞的國家需求，未來看會市場情況，再和當地合作，是否建肥料廠，或是其他的肥料買賣。』
農委會也指出，東南亞的農業正在起飛，台肥目前正在進行印尼、越南等東南亞其他國家的田野實驗，如果後續成效不錯，也會逐步設置原料買賣據點，且不排除在東南亞國家，尋找合適的基地建置肥料廠。