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南非外交部曾於2023年12月以口頭方式要求我國駐南非代表處遷出首都普勒托利亞(Pretoria)，2024年4月正式要求半年內遷至約翰尼斯堡(Johannesburg)，2024年10月7日再以電子郵件要求我國駐南非代表處10月30日完成搬遷，在搬遷案還在談判之際，我國駐南非代表處今年1月再度被通知要在3月底前遷出首都，而且南非外交部竟然擅自在官方網站上我國駐南非代表處名稱，從「台北聯絡代表處(Taipei Liaison Office)」更改為「台北商務辦事處(Taipei Commercial Office)」。
外交部16日對此回應表示，外交部持續關注並掌握本案相關發展，對於南非外交部於雙方仍在協商、尚未達成共識前，再度破壞兩國1997年達成的協議，片面在官方網站更改我國駐處名稱的作法，外交部長林佳龍已於第一時間即指示亞非司及我國駐南非代表處，分別向南非聯絡辦事處及南非外交部嚴正抗議，我國駐南非代表處已另致節略給南非政府，正式表達我方立場，並重申南非外交部援引聯大第2758號決議及「ㄧ中政策」逼迫我國駐處搬遷，不僅不合理、無法自圓其說，也令人無法接受；外交部也在同一時間表示，南非配合中國打壓台灣的作法，違反南非政府一貫主張民主自由的精神，要求南非政府務必尊重雙方於1997年達成的協議。
外交部表示，南非政府近期屢屢違反國際規範，已引發國際社會關注，例如南非駐美大使拉蘇爾(Ebrahim Rasool)近日言論不被美國接受，已於本月15日被美國國務卿盧比歐(Marco Rubio)列為「不受歡迎人物」。
外交部再次嚴正呼籲南非政府，儘速積極就相關細節與我方進行討論，且在雙方達成共識前，不應做出任何違反1997年雙邊協議的行為。