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1945年9月，蔣介石宣佈承認東突厥斯坦共和國政府的合法性，並賦予新疆自治權。1945年10月，國民黨政府的政治部長張治中被派往烏魯木齊與叛軍政府談判。後來發現，這位高級軍官是為蘇聯和中共工作的高度機密的情報人員之一。他是在1925年在黃埔軍校任教時被招募的。新疆局勢的發展正中克裡姆林宮和史達林的下懷，由於他們可以不受限制地獲取該地區的自然資源，因此決定不破壞與中國中央政府的關係，史達林通過蘇聯在重慶的代表阿‧彼得羅夫（A. Petrov）向中方發出了一個信息，聲稱：由於新疆地區與我們國家接壤，蘇聯政府有興趣維護其邊境地區安全，如果中方同意，我們就準備派代表去伊犁幫助中國政府恢復中國這一地區的和平。話是這麼說的，但是，新疆境內到處都是俄羅斯士兵，最高蘇維埃又想了一個新的辦法，那就是換人。
1945年10月22日，蘇維埃國家內務委員會新疆業務組組長，阿‧廊坊中將 Lt. General A. Langfang，和埃‧格納羅夫少將 Major General V. Egnarov 向莫斯科報告說：那些準備復原的軍人已經從叛軍軍隊中撤出，並正在送往蘇聯邊界。除了迫擊砲營意外，所有未使用的武器已經從叛軍手中收回。武器已經被轉移到了霍爾果斯。對所有的叛軍的彈藥供應已經停止。所有單位只留下確保自己防線的彈藥。蘇聯軍隊正在逐漸撤出，然後把防衛任務移交給由當地人組成的軍隊手中。為此，數個由哈薩克，維吾爾，烏茲別克和吉爾吉斯的復員軍人組成的新師被派往伊犁。10月20日，貝利亞又向莫洛托夫通報了另一個南方集團軍的調動。
1946年1月3日在烏魯木齊簽署了一項協議：「停止軍事行動並和平解決有爭議的政治和經濟問題。」根據協議，在東突厥斯坦共和國控制的三個區和其他七個區在國民黨的參與下組成了聯合政府。聯合政府中，15名部長是在當地人中產生，10名部長由中央政府任命。
但這些新的發展並不符合東突厥斯坦共和國領導人的願望，他們原本以為蘇聯真的要幫助他們建立自己的獨立共和國，結果，1946年7月，前東突厥斯坦共和國總統兼總理毛拉，阿裡汗‧夏克爾胡佳耶夫 Alihan Shakirhojaev 被召到蘇聯塔什干遭到囚禁。接著，東突國由艾赫買提江‧凱西姆（Ahmatjan Kasim）領導的小組統治。
伊犁和莫斯科之間的合作開始高速發展，根據麥基南送回去的情報，美國在1946年的消息，僅從可哥托海的礦山中就向蘇聯運送了2000噸鎢和鈾。順便說一句，華盛頓在1947年就知道阿爾泰地區有大量的綠柱石和鋰輝石儲備。前者用於生產鈸，後者用於生產鋰金屬，兩者都可以用於核武器。
採礦工程如火如荼地運行，美國研究員李昌（Li Chang）參照美國國家安全數據庫有關中國的數據得出結論說：對蘇聯鎢的出口1945年150噸 ，僱用了3000名工人；1946年450噸，有一萬名工人。在礦區，至少有1000名蘇聯專家，3000名工人和4100名保安人員在工作。
我們必須談一談1947年的兩萬名礦工，在大約100萬東突國的人口中，武裝部隊大約有三萬名士兵和軍官，這些都是精力充沛的年輕人和中年人，他們是被意識形態以及同樣重要的食物和制服驅使而來。那麼，礦工是怎麼找來的？他們的工具只有鏟子和鎬頭，而且，上述兩萬人可能也會在放射性元素礦山中工作，這個工作對人有致命的危險。如果不是當地人，那麼他們會是誰呢？唯一合理的解釋就是：他們是蘇聯紅軍抓來的戰俘，而且很有可能是日本人。二戰結束後，大約有55萬前關東軍的戰俘被送往蘇聯。美國方面說是一百萬，日本歷史學家說有60萬。可以確定的是，在哈薩克斯坦西部有一萬五千名日本囚犯在鉛礦中工作，至少數百人死亡，這些人根本沒有舉行葬禮。俄羅斯的消息證實關押關東軍的監獄是在新疆，那麼，在這兩萬名礦工中有多少日本人？沒有人知道，恐怕永遠也不會有人知道。
蘇聯人在新疆修建了大量的公路，不是為了當地的經濟發展，而是為了「北方大哥」的戰略需要。到1949年時，新疆的公路總長度已達到3361公里，這條路線其實是為蘇聯的原子能項目服務，從礦山的開採，運輸和加工，原子彈的製造及其測試最終都被牢固地綁在一條從新疆南部到蘇聯額爾齊斯河北部的強大運輸動脈上。
1946年4月21日，蘇聯政府決定在塞米巴拉金斯克離額爾齊斯不遠的地方設立一個特殊的試驗場，以測試蘇聯的第一個核裝置，這就是後來有名的蘇聯核試驗基地：Semipalatinsk。
1949年7月26日，塞米巴拉金斯克試驗場的準備工作完成。準備測試蘇聯的第一枚核彈 RDC-1。1949年8月29日，蘇聯的第一顆原子彈爆炸成功。從此，美國對世界上最強大武器的壟斷結束了。同時，東突厥斯坦共和國的歷史使命也完成了，史達林下令解散這個共和國，為了避免太難看，同年8月，幾乎所有東突國的政治和軍事首領們被叫到阿拉木圖並被秘密囚禁。但對外卻宣佈說，由於飛機失事，機上沒有任何生還者。東突厥斯坦共和國的政府軍被收編為中國人民解放軍第五軍。正式結束了這個被虛假的激情鼓動起來的民族主義和民族解放運動。而當地人，尤其是維吾爾人付出了巨大生命代價換來的這個短暫政權也投靠了中國共產黨。為蘇聯開發核武器付出生命代價的不光是維吾爾人，哈薩克人，吉爾吉斯人，蒙古人以及當地的其他民族，還有日本人和那些在第二次世界大戰中失蹤的人們，可能都會被葬在那裡。我剛來到倫敦時，在一所英語語言學校裡就碰到過一個會講維語和漢語的日本女孩，她在新疆出生。
1949年10月1日，中華人民共和國宣告成立，1949年12月17日，東突厥斯坦共和國實際上已不復存在。那天成立了新疆省人民政府。
現在，新疆是中國最大的鈾礦所在地，也是最大的各種稀有，放射性元素等等等等礦石的生產地，為此，中國最大的省級腫瘤醫院就在烏魯木齊，當地人口中癌症的發病率已經失控。（全文完）