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2018年醫院財報出爐，健保署首度公布申報健保逾新台幣2億元的基層診所名單，其中遠東聯合診所年賺7900萬元居冠，曾因違法受罰的政昇藥局也入列；醫院方面，以林口長庚醫院年賺78億元蟬聯最賺錢醫院。
根據健保法規定，只要醫療院所領取的健保費用超過一定門檻，就需公布財報，2013至2017年門檻為4億元，2018年首度降至2億元，首次有基層診所入列。
整體財報結果顯示，2018年最賺錢醫院前5名當中，林口長庚醫院賺78.41億元最多，其次依序為高雄長庚醫院賺59.14億元、台灣大學醫學院附設醫院24.23億元、中國醫藥大學附設醫院21.9億元，第5名為台北榮民總醫院19.65億元，擠下去年的桃園長庚醫院。
不過，若單看醫務收入，收入最多的醫院依然是去年的冠軍中國附醫、年賺17.96億元，其次依序為台大醫院15.23億元、高醫附醫8.52億元，第4、5名分別為台北醫學大學附設醫院5.81億元、台北市立聯合醫院5.75億元。
長庚醫院有最賺錢醫院，也有最賠錢醫院，去年嘉義長庚醫院整體虧損多達7.13億元，其次是輔大醫院5億元、麻豆新樓醫院1.26億元、敏盛綜合醫院9000萬元、雲林長庚醫院8900萬元。
首次上榜的基層診所共有4間，不論醫務收入、整體收入都有盈餘，整體收入賺最多的是遠東聯合診所，申報健保金額高達4.34億元、整體盈餘超過7900萬元；其次為斗六慈濟診所，申報費用2.52億元、賺6000萬元；書田診所申報3.37億元、賺1900萬元；安慎診所申報2.49億元、賺約600萬元。
藥局方面僅有一家為政昇藥局，是國內首間處方宅配藥局，據點設在台北市，卻收取全國處方箋的藥局，向健保署申請的調劑費和藥費多達2.2億元，但整體結餘卻是0元。
根據現行規定，藥師不可跨縣市送藥到府。政昇藥局曾因執業登記在台北，卻到台中送藥，遭台北市政府認定違法開罰，健保署也追回相關款項，後來這家藥局到各縣市設立藥局進行調劑，但統一到台北申報。
至於該藥局爭議以及整體收入為0，健保署副署長蔡淑鈴僅表示不清楚，藥局送財報來，健保署就接受，詳情需詢問該藥局，沒有多做說明。