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國防部處理敦睦艦隊染疫案遭外界質疑隱匿及推責，國防部從23日開始每天召開記者會，回應外界質疑。國防部副部長張哲平強調，調查小組會秉持誠實面對、毫不隱瞞的原則進行調查工作，並透過每日記者會說明調查進度。
國防部在23日的記者會中公布敦睦艦隊的行程概要，3月5日從左營軍港啟航，12日到帛琉，待了3天，中間安排官式活動與拜會，15日兩國舉辦聯合升旗典禮，當天康定號停泊在帛琉碼頭，包括帛琉政要、我外館人員、僑胞均登艦參與。3月15日離開帛琉後，於4月9日返抵左營軍港，4月14日上午聯檢人員登艦進行檢查，15日上午實施結訓典禮，之後人員分批休假。
國防部副部長張哲平表示，4月14日確實有官兵離艦，那是屬於艦隊官兵的外散假。他指出，關於休假，是由司令部頒定計畫、艦指部執行，等到聯檢作業結束，全部合乎作業程序，沒有任何異狀時，便依計畫執行外散及休假，按表操課，不需要下令、也不需要向誰請示。他認為調查小組未來的調查應該聚焦在為何聯檢小組做完檢查後，還是有較具風險的人員造成疫情的發生與擴散。
至於此次任務的執行是由誰拍板定案，國防部在記者會中公布國防部長嚴德發批示的公文，表示是由嚴德發核定。張哲平並指出，從2014年到2020年，也都由歷任3位國防部長依權責核定敦睦訓練實施計畫。