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為管控武漢肺炎疫情，馬祖小三通今天(7日)起旅客「只出不進」，所有旅客暫緩入境，連江縣政府表示，含馬祖鄉親進入中國大陸後，該期間也不得入境，敬請配合及體諒。
小三通目前僅暫緩但未完全關閉，航線正常運作，連江縣政府表示，大陸籍人士旅客已全面暫緩入境，為有效控制疫情，避免擴散之虞，7日起以馬祖為出發地，出境作業照常，入境完全暫停，並視疫情緩和後隨時調整，以確保兩岸人民健康。
金門縣長楊鎮浯5日要求暫時關閉小三通，至於日後如何復航，他表示現在無法考慮，陸委會副主委兼發言人邱垂正表示，6日已報到中央流行疫情指揮中心，如有結果，將對外公佈。對於關閉小三通，會有時間讓大家準備，一方面是行政流程，一方面讓民眾決定要不要留在中國。