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因應武漢肺炎防疫措施，交通部航港局透過兩岸協商，馬祖小三通航班自2月2日起減半，黃岐、琅岐各2進2出減少為各1進1出，這項措施將視疫情作調整。
受到武漢肺炎疫情衝擊，目前馬祖小三通每日進出人員極少，據航港局資料1月25日至31日止，琅岐入境314人、出境114人；黃岐入境392人、出境53人，大多是國人從小三通返國，民眾赴陸意願大幅降低，黃岐線更是連續3天出境掛零。
連江縣疫情指揮中心表示，持續加強小三通人員進出管制，大陸人士全面禁止入境（除特殊許可者），國人、鄉親入境者全面列管，有發燒或上呼吸道症狀或湖北旅遊史則通報隔離檢疫，無症狀者自主健康觀察14天。