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交通部最近預告修正「台灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」，為提升邊境管制防疫強度，規定審查兩岸海運直航客運航線時，得先會商中國大陸事務、國安及檢疫等主管機關意見。
交通部表示，兩岸海運直航客運航線申請，原本航港局審查通過即可，但中國大陸發生非洲豬瘟嚴重疫情，因應未來也可能有其他疫情，決定加強對海運直航客運審查。
根據交通部修訂的「台灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」草案說明，主要是為阻絕相關疫情於境外，確保國家安全，審理相關案件應強化跨部會的橫向聯繫及整合機制。
交通部航政司說明，跨部會參與兩岸海運直航客運航線審查，可讓相關單位在檢疫等人力配置上可及早規劃因應，除了新申請的航線審查外，現有海運定期航線許可期是2年，屆期申請續營運審查時，也一併比照新規定辦理。
航港局表示，目前兩岸海運直航線有3條，包括：麗娜輪及海峽號營運的台北-平潭、海峽號營運的台中-平潭、以及中遠之星營運的台灣-廈門-台州航線。