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有媒體報導指出，我國安高層與駐日代表處屢生摩擦，我駐日人事將異動，駐日副代表郭仲熙突遭撤換，改由駐史瓦帝尼公使蔡明耀接任。
對此，外交部今天(22日)發出新聞稿澄清，強調本次駐日本代表處副代表郭仲熙因另有任用調部，屬正常職務輪調，符合規定，遺缺由外交部前主秘蔡明耀接任，若干媒體對日人事安排之臆測與未查證之不實報導，刻意製造矛盾，外交部深表遺憾。
外交部並指出，蔡明耀長年從事對日事務，曾多次駐日，並曾擔任台日關係協會秘書長一職多年，嫻熟台日關係且日本人脈豐沛；此外，也曾奉派擔任駐史瓦帝尼大使，受史國政府各界歡迎。外交部說，在駐史國大使陳經銓生病後，蔡明耀雖已退休，仍犧牲退休生活，接受政務公使的任命，以代理館務。蔡公使外交資歷完備，經驗豐富，值得借重，外交部特商請蔡明耀以政務公使身分派駐日本代表處擔任副代表，以協助謝大使處理對日工作。
另外，外交部也表示，駐橫濱分處處長陳桎宏於今年1月中旬屆齡退休，處長一職由僑務組組長王東生暫代，規劃由台日關係協會秘書長張淑玲接任，也已核定。但有鑒於監察院目前就日本關西風災案進行約詢，為表示對監察院的尊重，張秘書長將待本案告一段落後再行赴任，秘書長遺缺則規劃由郭仲熙副代表接任。
外交部也表示，相關人事調整均經外交部長吳釗燮與駐日大使謝長廷充分交換意見，並秉持專業經驗及適才適所等考量，可以說是目前對日工作最佳的人力組合，可以預期將可在進一步深化台日關係上發揮最大戰力。
外交部強調，台灣國際處境艱難，外交工作亟需不分黨派的支持及外交團隊的密切合作。攜手合作全力推動各項外交工作尚且不及，卻有相關媒體針對國安高層及駐日大使謝長廷的工作關係進行不實報導，意圖撕裂外交團隊，實不可取。外交部籲請社會各界明智理性，體認台灣面臨的外交處境，並給予外交團隊強而有力的支持。