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針對反核食公投過關，日本駐台代表沼田幹夫對此深感遺憾。外交部發言人李憲章天(25日)表示，對於這次公投結果，外交部將與日方進一步溝通，謹慎處理以尋求日方理解，避免對台日關係造成影響。關於公投結果，政府必須尊重民意。
另外，行政院發言人Kolas Yotaka(谷辣斯．尤達卡)表示，行政院將請衛福部依照公投法規定，在維持食品安全下，繼續針對日本食品進行查驗。她說，政府的立場就是要讓民眾吃得安全、安心。
行政院食品安全辦公室主任許輔說，尊重公投結果；至於後續做法，食安辦會再跟衛福部等相關部會研議。
2011年3月11日，日本發生大地震導致福島核電廠輻射外洩事故，台灣當年3月25日起禁止福島、茨城、櫪木、群馬、千葉五縣食品進口。目前世界各國陸續放寬日本食品進口限制，只有中國大陸與台灣仍全面禁止福島與鄰近各縣食品進口。