台灣的農田水利會從明朝鄭成功來台，就開始了初創期，經歷清朝、日本治台，目前共有17個水利會，主要從事農業災害防治、水利事業的興辦，以及其他農業政策。對於農田水利會將改制為公務機關，地方反對聲浪和農委會相互較勁，水利會改制，最後是里程碑還是紛爭的開始，仍有待檢驗。
◎光復之後 水利會長產生歷5次變革
台灣的農田水利會，在日治時期為108個水利組合，1948年台灣光復後，合併「農田水利協會」與「防汛協會」，改組成為40個「水利委員會」。1956年在水利法中，明訂農田水利會為具「公法人」地位的「水利自治團體」，並頒訂「台灣省農田水利會組織規程」，正式進入「農田水利會」階段。之後多年經過整併，2012年全台共有17個農田水利會。
農田水利會的會長產生，在各時期也有不同。日治時代稱為「組合長」，由政府任命、1946年台灣光復後，會長由農民選舉，不過，1948年開始，則由聘任的委員互選主任委員，1956年之後會長又由會員代表選舉產生，1975年又改由政府指派，1983年會員代表選舉會長制度又恢復，隔年農委會正式成立。2001年立法院修正遴派農田水利會會長及會務委員的制度，會長改由會員直選產生。整體而言，台灣光復之後，會長產生方式共歷經了5次變革。
◎農田水利會改制 正反兩派較勁
農田水利會在地方核心業務，主要是執行公權力，包括灌溉排水、災害預防、經費籌措等事項，但也有不少爭議，像是會長選舉平均投票率低，且人頭會員充斥，而且也常被視為是藍綠政黨的地方勢力。如今，政府大旗一揮，將對農田水利會改制為政府機關，也引發正反兩派聲浪較勁。
前農委會主委陳保基表示，全台灣的灌溉溝渠，有很多都是私有地，且網絡綿密，共有7萬多公里，算起來可以繞行台灣好幾圈。另外，水利會現有資產，現金超過新台幣750億、事業用地和非事業用地加起來有25,000多公頃，一旦改制，將由官方主導處理，不是財產就得全面歸公？陳保基說：『(原音)就是地方的會員財產，改成公務單位後，勢必要變成公務單位公有，原本是水利會的財產，變成公有，沒有變成公有，就無法執行目前的灌溉體系。你把人家水利會的財產，變成公務單位的公有財產，就藉由一個立法，就把人家的財產變成公家的，民主國家不應該這樣子。』
陳保基也指出，未來農業水權110噸將交由政府統籌支配，農業發展所需的用水，已經無法自由運用，農業用水又該如何保障？
不過，前中研院研究員楊重信則認為，在具有公權力的政府主導下，他相信水權的調度會更加有彈性。他也指出，各地的水利會這幾年也拿了不少政府補助，如果以近3年營運經費共125億來看，政府補助約3至4成，且不少設施也由政府投資，因此也不能說收歸國有，就是剝奪私人財產。不過，楊重信也認為，憲法保障私有財產，因此如果經過調查，且所有權人主張所捐的相關地目或是設施為私人，政府也應該要有合理的補償。楊重信說：『(原音)如果是私人捐獻的，或是水利會裏面的某些團體，不一定是個人，他們有投資，且開發水源，有些設施可以認定是屬於他們的，主張了權利，政府應該給予補償，它是私人財產的話，應該也要給予補償，如果沒有辦法證明他們是投資的，也沒有剝奪財產的問題。』
農委會主委林聰賢則表示，目前很多農業的灌溉系統，因為年久失修，漏水率高，長期在服務上，能量也有不足，因此如果未來改制成公務機關，透過前瞻基礎建設的預算，就可以大幅改善。林聰賢說：『(原音)台灣的水的問題，是雨水夠，但是保水不足，我們農業的水資源，一定要做漏水率降低的工作。第二我們所有的灌溉技術和系統，因為農業技術的進步，所以有一些可以變成滴灌的，有些可以變成管灌的，不要因為農業用水不用錢，大家就照過去傳統的模式。』
農委會也清楚，要對執行多年的農田水利會改制，是一項重大轉變，更是一個大工程。林聰賢也表示，這也是為什麼農委會要採取兩階段的修法，就是希望第一階段先停止會長選舉，讓反彈的聲音先冷靜下來，之後利用兩年多的時間，好好研究包括針對各地水利會的財產成立特種基金，如何專款專用，並針對農水路灌溉政府承擔起責任以及人員安置的問題。只是地方反彈聲浪不斷，且明年過後縣市長選舉、緊接著又是總統大選，在藍綠地方角力下，水利會改制最終會成為里程碑還是紛爭的開始，仍有待檢驗。